JKA 1949 yılının mayıs ayında kuruldu. 1955 yılında, ilk merkez dojosu Yotsuya, Tokyo’da inşa edildi ve ilk başkan olarak Japon Üst Meclisi üyesi ve Meiji Japonya’nın büyük kahramanı Saigo Takamorui’ nin torunu Saigo Kichinosuke tayin edildi. 1956 yılında, JKA ilk defa karate uzman eğitmen staj (kenshusei) programını merkez dojosunda başlattı ve ilk tur öğrencilerini kabul etti. Böylece eşi benzeri bulunmayan bir karate eğitmeni eğitim programı başlamış oldu.

JKA, bu program sayesinde yaklaşık yirmi kişilik, tam zamanlı ve maaşlı profesyonellerle seçkin karate eğitmenlerinden oluşan benzersiz bir kadro oluşturdu.

10 Nisan 1957’ de, gerçek karate eğitiminin gelişmesini, yayılmasını ve zenginleşmesini amaçlayan JKA, Japon Eğitim Bakanlığı (günümüzde Japon Eğitim Bilim Spor ve Kültür Bakanlığı) tarafından resmi olarak tanınan yasal bir kurum haline geldi. Yirmi yıl sonra, bireysel bir vakfın katkılarıyla, genel amacı karate maçları düzenlemek olan bir başka karate organizasyonu daha yasal statü kazandı.

JKA’ nın yasal statü kazanmasından yaklaşık iki hafta sonra, büyük usta Funakoshi, 89 yaşında hayatını kaybetti. Yaklaşık on yıllık bir dönemden sonra bir devir kapanmıştı fakat Karate’nin gerçek gelişimi henüz başlamaktaydı.

Karatenin popülaritesi artmaya devam etti. 1957’de, birinci JKA All Japan Karate Şampiyonası’na Tokyo ev sahipliği yaptı. Karate maçlarında kuralların uygulandığı bu ilk turnuva, bireysel erkekler kumite ve kata, erkekler takım kumite ve kata olmak üzere dört kategori ile sınırlıydı. Turnuva yıllık olarak resmileştikten sonra JKA’nın şubeleri Japonya’da şehir merkezlerine, okullara ve önde gelen kırk kadar üniversiteye yayılması uzun sürmedi. 1958’de Usta Nakayama baş eğitmen olarak göreve başladı.

1961’de Majesteleri Japon Prensi (günümüzde Majesteleri Japon İmparatoru) 5. JKA All Japan Karate Şampiyonası’na katıldı. Karate tanınmaya başlanıyordu. Yıllar içerisinde turnuva, üniversite kategorisi (1969), bayanlar kata kategorisi (1974), genel kategori içerisinde gençler kategorisi (1975), ilk ve ortaokul ile liseyi kapsayan tamamen ayrı bir gençler kategorisi ve bayanlar kumite kategorisini (1985) de içerecek şekilde genişledi ve böylece katılımcıların sayısı muazzam şekilde arttı.

Ayrıca bu süreçte, JKA, karate eğitim sistemini geliştirdi, tüm Japonya’da yeni dojolar açarak organizasyonunu kayda değer biçimde genişletti, 1958’ in başlarından itibaren yüksek başarılara ulaşmış ve profesyonel eğitmenlerini Amerika, Avrupa ve Orta Doğuya göndererek buralarda eğitim vermelerini ve yeni dojolar kurmalarını sağladı. Böylece Karate, Japonya’nın dışında da büyük bir ilgi görerek başarı sağlamış oldu.

1975’ te ve takip eden üç yılda, Karate’nin Olimpiyatlara muhtemel giriş düşüncesi ile yapılan ve JKA sponsorluğunda uluslararası gerçekleştirilen ilk turnuva olma özelliğini taşıyan Ülkeler Arası Amatör Karate Federasyonu Dünya Kupası’na (IAKF) ABD ev sahipliği yaptı. Fakat, JKA tarafından ippon-shobu (rakibi tek darbeyle yere sermek ) olarak adlandırılan Karate’nin gerçek tekniğini ve ruhunu korumak amacı ile Shoto Dünya Kupası Karate Şampiyonası adında yeni bir turnuva düzenlendi. 1985 yılında ilk Uluslararası Shoto Dünya Kupası’na Japonya ev sahipliği yaptı ve Karate’nin nasıl bir uluslararası sanat haline geldiğine tanıklık etti.

Bu süreç, Karate sanatının dikkat çekici gelişimine tanıklık etti. Eğitmenler arasında devam eden antrenmanın bir sonucu olarak Karate teknikleri eksiksiz bir sistem halini aldı. İlk kez kumite duruşu ve hareketleri net, bilimsel ve pratik olarak “en iyi” formunu aldı. Ayrıca duruşu, yumruğu, tekmeyi veya tekniği uygulamanın doğru ve yanlış şekillerinin net bir tanımı ve tarifi ortaya çıktı. Bu teknikler geliştikçe pek çok eğitmen, Karate sanatını yaymak amacıyla denizaşırı ülkelere gitti.

JKA, Japonya dışında dojo kuran ilk karate organizasyonu oldu. Bu durum, JKA’nın dünya çapında son derece seçkin ve güçlü bir organizasyon olmasına sebep oldu. Dahası, JKA, nitelikli ve tam yetkili eğitmenlerini Karate eğitimi vermeleri için üniversitelere gönderen tek Karate organizasyonu oldu. 1986 yılında, seçkin işadamı ve Tokyo Üniversitesi Karate Kulübü üyesi Nakahara Nobuyuki JKA’nın sekizinci başkanı olarak atandı. Maalesef, Karate doruk noktasına ulaşırken, 1987 yılında, Usta Nakayama 74 yaşında hayata veda etti.

1990 yılında, JKA, içerisinden bir grubun JKA’nın resmi statüsünü ele geçirmeye çalışmasıyla bir kriz yaşadı. Bu grup olağanüstü genel kurulu topladı fakat resmi olarak gündemi ve amacını belirtmedi. Bu gayri meşru toplantıdan sonra, grup, yönetimi değiştirmeyi başararak uzun bir mahkeme sürecinin başlamasına sebep oldu.

Bu olanlara rağmen JKA gelişmeye devam etti. Eğitmenlerin ve üyelerin ezici çoğunluğu gerçek JKA’ ya sadık kaldılar. Daha sonra Usta Sugiura Motokuni 1991 yılında baş eğitmen olarak atandı. Başkan Nakahara ile birlikte Karate’nin gerçek ruhuna dönüşü bu ruha en çok ihtiyaç duyulan zamanda başlattılar. 1994 yılında, JKA beş adet yetkili kata eğitim kitabı yayınladı. Bu kitaplar çok hızlı bir biçimde Karate katalarının kutsal kitapları haline geldi.

Daha sonra mahkeme kararları açıklandı. 1995 yılında, üyelerin uzun süredir beklediği gibi JKA davayı Tokyo Yerel Mahkemesinde kazandı. 1998 yılında ise Tokyo Yüksek Mahkemesinde karar onandı. Daha sonra 1999 yılının haziran ayında ise Japon Üst Mahkemesi ayrılan grubun yeniden dava açmasını reddederek davanın sonsuza dek kapanmasını onamış oldu. Bunun sonucunda ayrılan grubun gayri meşru olarak ele geçirdiği yönetim yasal sahiplerine iade edildi. Sonunda JKA sadece zorlukların üstesinden gelmekle kalmamış aynı zamanda daha da güçlü olarak bu mücadeleden çıkmıştı.Hiç olmadığı kadar güçlü bir bağlılık ve kimlik duygusu kazanmıştı.

Mahkeme kararları ile yasal statüsünü yeniden kazanmasıyla JKA 21. Yy.’a atılım yaptı. Kendi iç organizasyonunu ve finansal yapısını yeniden yapılandırdı. .Kasım 2000’de, Tokyo’nun merkezinde arsa satın aldı ve yepyeni bir merkez dojo kurdu. Böylece JKA ilk kez kendi arazisine ve binasına sahip oluyordu. Mayıs 2001’de, diğer Karate organizasyonlarından ve dışarıdan gelenlerin katılımıyla büyük bir açılış seremonisi gerçekleştirildi.

Yenilenen enerjisiyle birlikte JKA, kendisini “Karate’nin Yüksek Geleneğinin Koruyucusu” açık bir şekilde nitelendirdi. 2004 yılında, dünya üzerinde gerçek Karate’yi daha üst düzeye taşımak ve yaymak amacıyla resmi web sitesini kurdu.

Japon Karate Birliği(JKA) 1948 yılında kar amacı gütmeden kurulan bir organizasyondu. 1957 yılında JKA, sayısız aktivitesi sayesinde, topluma benzersiz katkılarının olması sonucu, Japon Eğitim Bakanlığı tarafından SHADAN HOJIN (tüzel birlik) sıfatıyla resmi olarak tanınmış oldu. Topluma olan katkılarının ve faydalarının sürekli hale gelmesinden dolayı Japonya Devleti tarafından 21 Mart 2012’de KOEKI SHADAN HOJIN (kamuya yararlı tüzel birlik) sıfatıyla resmi olarak tanındı. JKA, savaş sanatları organizasyonu olarak bu sıfatı elinde bulunduran tek kurumdur.

JKA, 1.Karate-Do hakkında araştırma yürütmek ve eğitimin sağlayarak 2.çocukları ve gençleri etkileyerek fiziksel ve mental gelişimlerini savaş sanatlarının ruhu ile birleştirerek ve 3. saygı ve terbiyeyi vurgulayan Japon Savaş Sanatları konseptini geniş bir kitleye yayarak dünya barışına katkıda bulunmayı amaç edinmiştir.

JKA üyeleri karakterlerini geliştirmek, topluma katkıda bulunmak için gayret gösterirler. JKA’nın amacı ve savaş sanatı olarak Karate-Do’ nun gerçek değeri budur. JKA bu sorumluluğu ciddiye alır ve çeşitli etkinliklerle her zaman topluma katkıda bulunmaya gayret gösterir.