Funakoshi, samuray soyundan gelen bir ailede dünyaya gelmiştir. İlkokul yıllarında, ünlü karate ustası Ankō Asato'nun oğlu ile sınıf arkadaşı olmuş ve bu vesileyle Asato'dan karate eğitimi almaya başlamıştır. Ayrıca, Ankō Itosu gibi diğer önemli ustalardan da dersler alarak hem Shōrei-ryū hem de Shōrin-ryū stillerinde eğitim görmüştür.

1922 yılında, Japonya Eğitim Bakanlığı'nın düzenlediği bir fiziksel eğitim sergisinde karateyi tanıtmak üzere Tokyo'ya davet edilmiştir. Bu gösteri, karateye olan ilgiyi artırmış ve Funakoshi'nin Japonya anakarasında kalıp karateyi öğretmeye başlamasına vesile olmuştur. Aynı yıl, "Ryukyu Kempo: Karate-do" adlı ilk kitabını yayımlayarak karateyi daha geniş kitlelere tanıtmıştır.

Funakoshi, öğrencileri tarafından "Shōtō" (dalgalanan çamlar) takma adıyla anılmıştır. 1936 yılında Tokyo'da inşa edilen ilk resmi dojosuna "Shotokan" adı verilmiştir; burada "kan" kelimesi "ev" veya "salon" anlamına gelir. Bu dojo, Shotokan karate stilinin doğuşuna öncülük etmiştir.

Funakoshi, karateyi sadece bir dövüş sanatı olarak değil, aynı zamanda karakter gelişimi ve ahlaki değerlerin bir yolu olarak görmüştür. "Karate'de ilk saldırı yoktur" (Karate ni sente nashi) prensibiyle, karate'nin savunma amaçlı kullanılmasını vurgulamıştır. Ayrıca, öğrencilerine 20 temel ilke (Niju Kun) sunarak, karate uygulayıcılarının hem fiziksel hem de zihinsel olarak nasıl davranmaları gerektiğini belirtmiştir.

Funakoshi, karate üzerine birçok eser kaleme almıştır. Bunlar arasında "Karate-Do Kyohan" ve otobiyografisi "Karate-Do: My Way of Life" bulunmaktadır. Bu eserler, karate'nin teknik ve felsefi yönlerini detaylandırarak, sonraki nesillere rehberlik etmiştir. Gichin Funakoshi'nin çalışmaları ve öğretileri, karate'nin dünya çapında tanınmasına ve yayılmasına büyük katkı sağlamıştır. Onun mirası, bugün milyonlarca karate uygulayıcısı tarafından yaşatılmaktadır.